Personel medyczny, zajmujący się endoskopią jest w dużym stopniu narażony na ryzyko zakażenia wirusem SARS-COV2. Zagrożenia te należy ograniczyć, zapewniając odpowiednie zaopatrzenie w środki ochrony indywidulnej (PPE, ang. Personal Protective Equipment) i prawidłową technikę ich noszenia: zakładanie i zdejmowanie, aby uniknąć nieumyślnego samozakażenia np. poprzez kontakt z twarzą.
Wytyczne ESGENA z dnia 30 kwietnia 2020r. pokazują w jakis sposób prawidłowo używać środki ochrony osobistej podczas zabiegów endoskopowych. Wszyscy pracownicy służby zdrowia powinni znać i przestrzegać zasady właściwego stosowania PPE, jako jeden z glównych czynników zapobiegania zakażeń.